氣象歷史
風暴路徑圖8月17日，一股東風波離開非洲海岸，於8月24日進入東太平洋並很快開始呈現出發展跡象。當晚，氣象部門開始啟用德沃夏克分析法對位於哥斯大黎加以西近海，並且還在以每小時15至25公里速度向西北偏西方向移動的這一天氣系統進行分析。外界環境有利於其進一步發展，到8月26日晚，低氣壓區上空的對流已經有所增加。8月27日清晨，系統到達瓜地馬拉西南偏南方向約400公里洋面，其組織性已有所改善，但對流仍然很少。8月28日清晨，逐漸組織起來的對流內部已經有了更多的帶狀特徵，美國國家颶風中心將其歸類為第十一E號熱帶低氣壓。
由於垂直風切變很少，水溫較高，空氣中也有豐富的水分，氣象部門預計風暴會穩步增強，低氣壓於8月28日達到熱帶風暴強度，美國國家颶風中心因此將其命名為“約翰”（John）。風暴上空繼續發展出深層對流，並且逐漸擴大的中心密集雲層中還發展出了眼狀特徵。約翰還在繼續強化，於8月29日在阿卡普爾科東南偏南方向約305公里海域達到颶風強度。颶風圍繞墨西哥北部上空一片中到上層高壓脊的西南邊緣向西北偏西方向移動，其帶狀特徵還在這一過程中繼續增加。颶風開始進入爆發性增強期，在達到颶風強度後僅過了12小時就已成為大型颶風。此後不久，颶風進入眼牆置換周期，風眼因此變得有些模糊，但風速還是保持在每小時185公里。另一個風眼形成後，根據颶風獵人偵察機報告的數據，約翰於8月30日在位於阿卡普爾科以西約260公里洋面，或是拉薩羅卡德納斯以南約155公里海域達到薩菲爾-辛普森颶風等級下的四級強度。幾個小時後，風暴進入又一輪眼牆置換周期，隨後在近海沿墨西哥海岸線平行移動時減弱成三級颶風。
正處在爆發性增強期的颶風約翰由於眼牆置換周期和與陸地相互作用的影響，颶風約翰的風速於8月31日降至每小時170公里，但在風眼的層次結構得到改善後很快又重新增強成大型颶風。經過又一輪眼牆置換周期，颶風再度減弱到二級強度，於9月1日以風速每小時180公里強度在南下加利福尼亞州最南端的卡布埃斯特角（Cabo del Este）附近登入。9月2日，約翰從拉巴斯附近經過時已減弱成一級颶風，並且還在繼續減弱，之後不久就降級成熱帶風暴，然後又在9月3日進一步減弱為熱帶低氣壓。到9月4日時，大部分對流都已與朝墨西哥內陸進發的環流分離，而且已經連續24小時沒有出現可供辨別的明確環流。基於這些信息，美國國家颶風中心發布了針對這一天氣系統的最後一份公告。
防災措施
墨西哥軍隊和應急服務人員在沿海地區駐紮，阿卡普爾科及其周邊的公立學校暫時停課，當地官員建議住在低洼地區的居民提高警惕，還敦促漁民返回港口。伊斯塔帕（Ixtapa）和錫瓦塔內霍兩個度假城市當局下令港口不再對小型船艇開放。哈利斯科州州政府官員下令將住在低洼地區的約8000位市民強制疏散到900個臨時避難所，阿卡普爾科附近也開設了臨時避難所。米卻肯州進入黃色警戒狀態，這是五級警戒系統的第三級。嘉年華郵輪把一艘沿墨西哥大西洋海岸行進遊輪改道行駛。
8月31日，南下加利福尼亞州政府下令上萬名居民予以撤離，拒絕撤離者將由軍方強制撤離。當地也開設了多個避難所，以便市民和遊客度過風暴。當地在數周前剛剛遭受過一場大規模洪災的襲擊，地方官員因此疏散了墨西哥北部一座水壩附近的數百位市民，所有的公立學校也全部停課。
美國國家氣象局向德克薩斯州多個地區以及新墨西哥州南部三分之二的區域發布了洪水預警和警報。
影響
墨西哥
| 颶風名稱 | 颶風季 | 登入風速 | 來源 |
| 未命名 | 1959 | 時速260公里 | |
| 肯納 | 2002 | 時速240公里 | |
| 未命名 | 1957 | 時速235公里 | |
| 伊尼基 | 1992 | 時速235公里 | |
| 瑪德琳 | 1976 | 時速235公里 | |
| 萊恩 | 2006 | 時速200公里 | |
| 奧利維亞 | 1967 | 時速200公里 | |
| 蒂科 | 1983 | 時速200公里 | |
| 基科 | 1989 | 時速190公里 | |
| 奧利維亞 | 1975 | 時速185公里 | |
| 麗莎 | 1976 | 時速185公里 |
颶風約翰的強風激起巨浪，還颳倒了阿卡普爾科附近的許多樹木，所產生3米高的風暴潮淹沒了該市多條沿海公路。此外，墨西哥西海岸普降暴雨，哈利斯科州洛斯普蘭尼斯（Los Planes）降雨量達到最高的317.5毫米。降雨在格雷羅州引發多場土石流，切斷了約70個社區與外界的交通聯繫。
南下加利福尼亞州首府拉巴斯有40條電線桿被狂風颳倒。有關部門切斷了城市的電力供應，以防掉落的電線引發觸電事故。強風還吹倒了許多樹木，摧毀了大量廣告牌。局部地區的降雨量總計超過500毫米，導致洪水有腳踝深，多條通往拉巴斯機場的道路被迫封閉。拉巴斯市內有約300戶民房受損，還有200套住房被毀導致居民流離失所。整個拉巴斯地區有數千套簡陋房屋在風雨交加下被毀。降水還導致許多家畜死亡，大面積莊稼被毀。位於科蒙都的依古吉爾水壩也因降雨導致洪水溢出，導致15個鎮因1.5米高的洪水而孤立。沿海城市穆萊赫（Mulegé）因山洪暴發導致市內受到大面積破壞，還有一位美國公民死亡。鎮上有超過250戶民房受損或被毀，致使許多人無家可歸。墨西哥1號聯邦公路有部分路段因嚴重的洪水而封閉，當地還有一個渡槽受到破壞。
颶風約翰總計摧毀了整個下加利福尼亞半島的數百套房屋，還吹飛了160套房子的屋頂。整個墨西哥共有5人遇難，經濟損失達6.63億墨西哥比索（2006年墨西哥比索，相當於2006年的6080萬美元和2014年的7009萬美元）。
風暴殘餘給與艾爾帕索相鄰的華雷斯城帶去降雨，有20個社區受洪水所困，多條供電線路中斷，還導致了多起交通事故。當地在風暴來襲兩星期前就接連出現降雨，加上這次風暴的影響，致使數以千計的居民無家可歸。
美國
約翰的殘留濕氣與一片逐漸逼近的冷鋒融合，給美國西南部帶去中等程度降水，其中德克薩斯州霍克利縣非建制地區惠薩拉爾（Whitharral）總計達到200毫米，該州艾爾帕索也超過75毫米。降雨產生的洪水導致德克薩斯州西南部有許多道路被淹，其中包括10號州際公路位於艾爾帕索境內的約800米路段。艾爾帕索國際機場有一架美國大陸航空噴氣機因跑道濕滑，輪胎陷入泥中而出現延誤。艾爾帕索因這場風暴和全年異常潮濕的影響，年度降雨量達到正常情況下的兩倍，到9月時，2006年已成為有紀錄以來該市降水第9多的一年。整個艾爾帕索地區因降雨一共導致了約10萬美元的損失。降雨緩解了德克薩斯州北部的嚴重乾旱，導致河流和湖泊溢出。降雨引發的洪水導致多條道路被淹，德克薩斯州交通部因此封閉了多條道路，其中包括美國385號國道接近霍克利縣萊弗蘭（Levelland）的部段。還有其它多條道路被沖毀。
約翰的濕氣也給新墨西哥州南部帶去降水，其中魯伊多索（Ruidoso）達到最高的133毫米。降雨導致多條河流泛濫，里奧魯伊多索河（Rio Ruidoso）沿岸居民被迫疏散。降水還導致個別路段水淹，拉斯克魯塞斯一年一度的葡萄酒節也被迫取消，魯伊多索唐斯賽馬場賽道泥濘不堪，全美未來賽這一新墨西哥州最重要的年度賽馬比賽受到影響。梅斯基特（Mesquite）、哈奇（Hatch）和林孔（Rincon）出現嚴重的水淹，許多民宅的洪水和淤泥有1.5米深。一些房主失去了所有的財產。風暴的熱帶濕氣還給亞利桑那州和南加州帶去了降水。加利福尼亞州共發生了8起相互間沒有關聯的土石流，有19輛車因此受困，但幸運是沒有造成人員傷亡。
善後
墨西哥紅十字會駐格雷羅州、瓦哈卡州和米卻肯州的分部進入警戒狀態。該組織的全國應急回響隊處在待命狀態，以協助受災最嚴重的地區。海軍直升機向下加利福尼亞半島偏遠地區送去食品和飲用水。墨西哥紅十字會向南下加利福尼亞州最南端送去了2000個食品包。穆萊赫的汽油供應不足，導致發電機無法工作，城裡缺乏飲用水，飛機跑道被泥漿覆蓋。許多無家可歸的居民起初只能住在朋友家或是政府開設的避難所中。整個下加利福尼亞半島有數以千計的居民在風暴過後連續兩天都面臨著停電停水的困境，一位來自鳳凰城的飛行員準備帶約380升飲用水趕赴災區，其他多位飛行員也紛紛打算效仿。南下加利福尼亞州旅遊局表示，旅遊業基礎設施受到的破壞很小，機場、道路和海上設施都只導致了程度很小的延誤。聖公會救援及發展基金向約100戶家庭提供了食品、衣服、藥品和運輸服務，向將約80個家庭送去了床墊。
亞利桑那州圖森市有包括50名學生在內的許多市民向新墨西哥州的洪水災民運送物資，其中包括衣服等多種捐贈品。
